Josef Isensee studierte Rechtswissenschaften und Philosophie in Freiburg i.Br., Wien und München. Seinen juristischen Vorbereitungsdienst sowie beide juristischen Staatsprüfungen absolvierte er in München. An der Universität Erlangen-Nürnberg erfolgte die Promotion (1967) und die Habilitation für die Fächer Staats- und Verwaltungsrecht sowie Steuerrecht (1970). Im Jahr 1971 wurde er zum ordentlichen Professor an der Universität des Saarlandes, Lehrstuhl für Staats- und Verwaltungsrecht, berufen. Von 1975 bis 2002 lehrte er Öffentliches Recht an der Universität Bonn. Nach seiner Emeritierung nahm er Gastprofessuren an den Universitäten Jena, Berlin (FU) und Eichstätt-Ingolstadt wahr. Seit 1986 ist er ordentliches Mitglied der Nordrhein-Westfälischen Akademie der Wissenschaften und der Künste zu Düsseldorf.